課程名稱 |
數學模擬與系統生物 Mathematical Modeling and Systems Biology |
開課學期 |
100-2 |
授課對象 |
電機資訊學院 資訊工程學研究所 |
授課教師 |
高成炎 |
課號 |
CSIE5092 |
課程識別碼 |
922 U3170 |
班次 |
|
學分 |
3 |
全/半年 |
半年 |
必/選修 |
選修 |
上課時間 |
星期四6,7,8(13:20~16:20) |
上課地點 |
資110 |
備註 |
限學士班三年級以上 總人數上限:50人 |
Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1002mmsb |
課程簡介影片 |
|
核心能力關聯 |
本課程尚未建立核心能力關連 |
課程大綱
|
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
|
課程概述 |
This will be a special topics course that focusing on recent work that involves modeling metabolic, signaling, and gene regulation networks in cells, with a particular focus on using machine learning methods to analysis, synthesis, design and control the models from data. Qualitative and quantitative mathematical models that accurately predict physical phenomena are essential in many fields of engineering and science. This course will cover following topics:
|
課程目標 |
1. Graphical representation of biochemical systems;
2. Models of biochemical systems;
3. From maps to equations;
4. Computer simulation;
5. Parameter estimation;
6. Analytical steady-state evaluation;
7. Sensitivity analysis;
8. Case study: S-System |
課程要求 |
|
預期每週課後學習時數 |
|
Office Hours |
|
指定閱讀 |
|
參考書目 |
Textbooks:
1. Modeling Biological Systems: Principles and Applications. James W. Haefner. (1996)
2. Computational Analysis of Biochemical Systems A Practical Guide for Biochemists and Molecular Biologists. Eberhard O. Voit. (2000)
References:
1. Model Selection and Inference: Apractical Information-Theoretic Approach. Kenneth P. Burnham, David R. Anderson. (1998)
2. Investigating Biological Systems Using Modeling: Strategies and Software. Meryl Wastney, Blossom Patterson, Oscar Linares, Peter Greif, Raymond Boston. (1999)
|
評量方式 (僅供參考) |
|
週次 |
日期 |
單元主題 |
第1週 |
2/23 |
課程介紹 |
第2週 |
3/01 |
機率:主要分佈 |
第3週 |
3/08 |
機率:主要定理 |
第4週 |
3/15 |
統計:估計方法 |
第5週 |
3/22 |
統計:假設檢驗 |
第6週 |
3/29 |
統計:線性迴歸 |
第7週 |
4/05 |
清明節 |
第8週 |
4/12 |
停課一次 |
第9週 |
4/19 |
Sequencing |
第10週 |
4/26 |
Genetic Regulatory Network Modeling |
第11週 |
5/03 |
Dynamic Modeling and Simulation of Gentetic Regulatory Networks |
第13週 |
5/17 |
期中考 |
第14週 |
5/24 |
Complexity and Stochasticity |
第15週 |
5/31 |
poisson processes |
第16週 |
6/07 |
隨機微分方程簡介 |
第17週 |
6/14 |
期末報告 |
第18週 |
6/21 |
期末報告 |
|